固始县档案馆设4个内设机构：
（一）综合股。负责制定全县档案事业发展规划，统计、分析全县档案工作情况，并提出贯彻党和国家档案管理工作的措施和建议：负责日常运转、统筹协调、组织人事、机要保密、机关党建、后勤保障工作。
（二）保管利用股（信息公开查阅股）。负责县档案馆馆藏档案的保管和库房管理；负责收集范围内的档案接收、征集工作；负责收集县直各单位政务公开信息，负责馆际（含国际）间档案资料的整理、交流与共享：负责县档案馆人防、技防、物防等安全保卫工作；负责统筹全县档案资料的收集整理、目录编制和向上报送工作。
（三）征集接收股（县重大活动、重大项目档案管理股）。负责馆藏档案、资料的整理、编目、鉴定、解密、划控工作；，负责县直各单位各类档案进馆标准制定和接收工作：负责征集党和国家领导人视察固始的档案资料：负责征集散存在社会的珍贵档案文献及社会名人档案：负责接收、征集县级重大活动形成的档案、资料：负责征集散存在境内外的重要档案资；负责各类检索工具的编制工作：负责征购与具档案馆馆藏档案有关的图书、资料。
（四）档案信息化股。负责推进全县馆室一体化建设工作：负责数字档案馆的规划、建设、运行维护工作；负责县馆中心机房的管理、运行维护工作：负责馆藏档案的数字化和缩微工作：负责全县范围内电子档案进馆标准的制定和接收工作：负责实施全县档案目录数据库建设：负责网络媒体数字资源建设：负责县馆数字资源备份工作。
